1989 fue considerado un año de "crisis", un tiempo de desierto y prueba, pero también de reflexión y revisión. La enfermedad del P. José Luis Ramírez comenzó a hacerse patente, disminuyendo su posibilidad de acompañar a la Comunidad como deseaba. Aunque la asistencia a la Misa Comunitaria vuelve a intensificarse, disminuye la participación en la pastoral. La organización interna de la Comunidad sigue siendo eficiente, pero se siente un cierto desgaste en la corresponsabilidad. Por otro lado, se dan algunos pasos más en la integración con otros grupos Sagrados Corazones a través de actividades como la celebración conjunta del Día del Sagrado Corazón o la Semana Santa. Con 13 grupos de reflexión (contando grupos nuevos y disoluciones) la Comunidad comienza a tener un número significativo de adultos entre sus miembros..
La presencia a nivel de Iglesia, con todo, sigue siendo importante, así como la coordinación con otros movimientos, con los que se participó en la Marcha por la paz "Perú, Vida y Paz". La violencia en la zona rural impidió continuar con la experiencia de Misiones en Ayaviri. Por otro lado, se logra hacer repuntar la participación en cursos de Teología, aunque se hace cada vez más evidente que ello no es suficiente para elevar el nivel de formación de los comunos.
