Período de año y medio que marca profundamente a la Comunidad, y que comprende dos grandes etapas, una gozosa y una extremadamente dolorosa.
En setiembre del 2016, Héctor de Cárdenas hubiera cumplido 90 años. Con meses de anticipación, una comisión formada por Juan Borea, Juan Carlos Townsend y Chachi Infante hace los preparativos. Se prepara videos y PPTs, cancioneros del recuerdo, publicaciones en Facebook, grupos de Whatsapp, reuniones previas. Se convoca al coro comuno. Decenas de ex comunos reaparecen en las fechas centrales, en que hay una mesa redonde testimonial, un museo del recuerdo y una Eucaristía especial presidida por Gastón Garatea e Hilario Huanca. Una onda de optimismo festivo invade la Comuna, varios ex comunos se reincorporan a la dinámica comunitaria, formándose un grupo nuevo (Maná) y habiendo la posibilidad de otro formado por comunos de los 70s,a otros manifiestan su deseo de mantenerse en contacto constante. Por la misma época, Gastón celebra sus bodas de oro sacerdotales; hay una gran sucesión de testimonios en la capilla de Recoleta y el coro comuno se hace también presente por pedido expreso de Gastón. En esos meses, la Comunidad organiza una colecta de apoyo a la población shipibo-koniba, perjudicada en el incendio de Cantagallo; emitie un pronunciamiento a propósito de la marcha #niunamenos; y tiene un conversatorio sobre el papado de Francisco y la visión de Iglesia de la Comunidad. La misa de Navidad del 2016 tiene un ambiente especialmente feliz. En el verano del 2017 hay dos reuniones del Consejo Ampliado y se barajan proyectos formativos, cine-foros, fortalecimiento de la revisión de vida en los grupos y un proyecto de confirma 2017.
La acusación contra Juanito Borea, publicada en Facebook el 26 de febrero por un exalumno del Héctor de Cárdenas, marca un quiebre y el inicio de un tiempo doloroso para la Comunidad. El Consejo de Hermanos emite un primer comunicado expresando sorpresa y voluntad de buscar la verdad. En los días siguientes, se multiplican las publicaciones en Facebook por parte de exalumnos de distintas promociones. Juan deja la dirección del Colegio Héctor de Cárdenas y saca un comunicado público, que causa resistencias entre los comunos y ante el que el Consejo de Hermanos emite un segundo comunicado. Poco después, Pepe Borea renuncia al Consejo de Hermanos y Juan oficializa su renuncia a la Comunidad. La Comuna debe dejar el local de Río de Janeiro -la casa de Juan Borea- y las Hermanas ss.cc. facilitan un sótano en Belén para dejar los muebles y enseres. Los siguientes meses, hay una casi completa dispersión de los comunos y una disminución de toda actividad en los grupos. La misa comunitaria es temporalmente suspendida. El proyecto de Programa de Confirmación que se venía preparando tiene que ser abortado. Encima de ello, dos muertes golpean en este contexto a la Comunidad: la de Martha Amézaga y la de Deborah Laporta; éstas se suman a la de Renato Espinoza, sucedida a mediados del año anterior.
El equipo de Brisas de Villa asume lo sucedido como motivación para revisar y reformular su proyecto, estableciendo una organización centrada en cuatro líderes, que asumen de manera mucho más cuidadosa la planificación y el acompañamiento de cada jornada de trabajo. A partir de Pascua, se reanudan las misas comunitarias, esta vez en la capillita de los Hermanos ss.cc. de Recoleta. Durante este tiempo, algunos comunos, que recién habían retornado a la Comunidad a propósito del aniversario 90 de Héctor, van asumiendo un rol importante en el día a día. Luego de una importante reunión comunitaria en la Casa de Jornadas Padre Damián, en setiembre del 2017, comienza a reactivarse la dinámica comunitaria. En esa misma reunión se plantea la posibilidad de hacer un convenio con las Hermanas ss.cc. para volver a instalar la Comunidad en la capellanía (ahora Chalet San Joaquín). Luego de una consulta general, se cierra el contrato. El mes de noviembre, gracias a un esforzado grupo de voluntarios, la Comunidad se instala nuevamente en Belén.
El nuevo local despierta nuevamente el entusiasmo y el optimismo en los comunos. Los grupos vuelven a reunirse en la Comunidad. Además, la cercanía con las Hermanas facilita el servicio en cosas como cursos de formación teológica para profesores, retiro para personal del Belén o asesoría y capacitación del grupo de Pastoral Juvenil del Colegio. El viaje de Daniel Gushiken y Juan Carlos Townsend (junto con Manuel Lozano, de la Comunidad ss.cc. Nicolás Castel) al Primer Encuentro Mundial de la Rama Secular ss.cc. en Madrid estimula también la relación con otras comunidades laicales ss.cc. El Consejo de Hermanos (en que quedan sólo tres miembros) extiende su período por año y medio, hasta inicios del 2018.
