El 2003 resulta siendo un año clave en el renacer de la vocación de la Comunidad. La convocatoria de la Coordinación General a participar en el acto cívico “Para que no se repita”, preparatorio al informe final de la Comisión de la Verdad, “prende la mecha” en el cuestionamiento comunitario. La Comisión Ejecutiva tiene una acción intensa, siendo su principal logro el documento de trabajo “Vocación Fundacional de la Comunidad”. Una serie de iniciativas de diversos grupos (conversatorios, reflexiones, charlas, organización de visitas para ver muestras fotográficas sobre los años de terrorismo) van evidenciando un mismo soplo del Espíritu en todos. El único retiro comunitario del año tuvo como eje central precisamente el cuestionamiento sobre la razón de existir de la comunidad. El grupo Domini promueve que la Comunidad se consagre formalmente a los Sagrados Corazones de Jesús y de María.
A nivel pastoral, hay un leve aumento de actividades, destacando el Desayunos para Niños de la Calle organizado por los menores de la Comunidad, así como una pequeña confirmación de adultos. Comienza a sentirse, sin embargo, la necesidad de retomar una actividad pastoral más estable y menos asistencialista
Internamente, hay una total reorganización del funcionamiento administrativo. Reaparecen los secretarios comunos y se aprueba el nuevo reglamento de la casa. Se adquiere una computadora y teléfono. Se lanza la página web de la Comunidad y se crean los egroups comunos, que permiten una comunicación permanente entre todos, incluyendo a los comunos viajeros, que cada vez son más, tanto al interior como al exterior del país. Hay, por otro lado, una serie de celebraciones internas y un renacer del gozo de estar juntos.
Junto con la alegría de los nacimientos de nuevos hijos comunos, hay un golpe muy fuerte para la Comunidad: la muerte, en el mes de Julio, del comuno Jorge Injoque, quien recibe un disparo al pretender cubrir a un compañero, durante un asalto al campamento minero en que se encontraba. Por otro lado, y luego de las numerosas celebraciones y muestras de afecto con motivo de sus 50 años de sacerdocio, el P. Juan Scheepens, querido asesor religioso por siete años, decide volver a Holanda. En su lugar, es nombrado el P. Gastón Garatea.
