El año 2011 fue un año clave en la vida comunitaria. Hizo crisis un modelo de organización y funcionamiento que ya venía resultando inadecuado ante los cambios del mundo y también la realidad de los comunos. Complicados tanto por circunstancias laborales y familiares como por el cada vez más difícil tráfico de Lima, los comunos fueron menguando en su asistencia a la misa comunitaria, a las actividades generales y a sus reuniones de grupo. La Junta de Asesores prácticamente no tuvo actividad y la Junta de Coordinadores funcionó con dificultad y constantes ausencias. Los jóvenes del grupo Sinergia, desgastados por la dinámica que tuvieron que asumir el 2010, fueron alejándose poco a poco hasta que el grupo se disolvió. También se disolvió Tunupa Nampi, a dos de cuyos miembros acogió el grupo Wayqi, también disminuido numéricamente. La mayoría de grupos de reflexión tenía dinámicas irregulares. Ese año no hubo más actividad extraordinaria que el retiro comunitario.
En esas circunstancias, asumió la dirección de la Comunidad Jenny García, quien sería la última Coordinadora General de la Comunidad. Ella convocó a una Asamblea anual "diferente", la cual de hecho tuvo cuatro fechas, espaciadas en el tiempo, durante las cuales la Comunidad buscó discernir su sentido último y la manera en que debía afrontar la crisis. En una primera reunión en casa de Augusto y Mónica, se hizo una evaluación de la vivencia y las actividades, así como un análisis de las prioridades para mantenerse centrados en lo esencial, clarificándose la condición de "comunidad adulta y con prioridad en la familia" que se tenía ahora. En la segunda fecha emergió la necesidad de una comisión de planteara una nueva organización comunitaria, reflejada en nuevos Estatutos; esta comisión fue formada por Vania Híjar, David Mena, Meche Ponce y Juan Carlos Townsend, quienes presentaron en la segunda fecha sesión de la Asamblea -meses después- el proyecto de Estatuto, en el que se planteaba la desaparición de las categorías de miembros (plenos, activos, colaboradores) para que sólo existieran "comunos". Asimismo, la desaparición de la Coordinación y SubCoordinación General, Tesorería, Junta de Coordinadores, Junta de Asesores y Comisión Ejecutiva, para que tomara el lugar de todas éstas un "Consejo de Hermanos" formado por cuatro personas que dirigieran la Comunidad de manera colegiada. Y el dejar a los grupos en libertad para tener o no un asesor.
El proceso supuso que el "año comuno" (y el mandato de Jenny García) durara esa vez un año y medio, con lo cual la tercera sesión de la Asamblea se realizó en julio de 2012. Allí se aprobó "ad experimentum" el nuevo Estatuto, y se nombró un primer Consejo de Hermanos provisional por seis meses: Ceci Ayres, Juan Carlos Townsend, Claudia Rojas y Javier Rodríguez, asumiendo éste último el rol de "Hermano Mayor" de dicho Consejo.
